El juego comienza justo durante los sucesos finales de Mortal Kombat: Armageddon. Durante el enfrentamiento final entre las fuerzas del bien y del mal en la pirámide de Argus, casi todos los guerreros de ambos bandos perecen, permaneciendo en pie únicamente el emperador Shao Kahn y Raiden, el Dios del Trueno. Shao Kahn quien aumentó en gran medida su poder tras haber absorbido el alma de Blaze, derrota a Raiden y desata el Armagedón al unir el Reino de la Tierra con el Mundo Exterior. Antes de caer a manos del emperador, Raiden envía un mensaje a su yo del pasado, «debe ganar», lo que Raiden interpreta que Liu Kang debe vencer a Shao Kahn para cambiar el futuro.
El Raiden de la Nueva Línea Temporal capta el mensaje de su yo del futuro cuando su amuleto de los Dioses comienza a resquebrajarse. En esos momentos, da inicio, auspiciado por Shang Tsung, el torneo de Mortal Kombat que dirimirá si el Reino de la Tierra sucumbe ante la tiranía de Shao Kahn y el Mundo Exterior.
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